Corresponen a la Direcció General les funcions següents:

• Exercir la direcció executiva de l'Agència i la representació ordinària, en els termes previstos en les disposicions vigents.
• L'execució dels acords presos pel Consell Rector.
• Exercir la potestat sancionadora en matèria de seguretat ferroviària per infraccions lleus.
• Formular l'avantprojecte de pressupostos anual de despeses i ingressos amb anterioritat a la data que anualment es determine per l'ordre per la qual es dicten les normes per a l'elaboració de pressupostos de l'any anterior a la seua aplicació, a fi de procedir al seu estudi i aprovació per aquest per a la posterior remissió, a través de la conselleria competent en matèria de transports, a la conselleria competent en matèria de pressupostos.
• Aprovar les despeses i ordenar els pagaments de l'Agència.
• La rendició del compte de l'organisme. Per a això presentarà per a la seua formulació els comptes anuals, l'informe de gestió i l'informe relatiu al compliment de les obligacions de caràcter economicofinancer, abans del 31 de març de l'any següent a què fa referència, així com a l'efecte del control financer que estableix la Llei 1/2015, de 6 de febrer, de la Generalitat.
• Exercir la inspecció i el règim intern dels serveis de l'organisme, l'exercici de la direcció superior del seu personal i l'elaboració de les propostes en matèria de personal a l'òrgan competent de la Generalitat en matèria de funció pública.
• L'elaboració de plans o projectes d'actuació, la direcció i coordinació de les activitats que siguen necessàries per al desenvolupament de les seues funcions, l'aprovació d'instruccions que pertoquen sobre organització i funcionament efectiu de l'organisme, en desenvolupament del que es preveu en aquest reglament.
• L'elaboració de propostes a l'òrgan competent en matèria de tecnologies de la informació de la planificació de la gestió de recursos informàtics necessaris i d'administració electrònica per al desenvolupament de les funcions de l'organisme.
• L'elaboració de propostes per a l'autorització i signatura de convenis amb altres entitats, i per a l'acceptació de les delegacions de competències o encàrrecs de gestió de funcions d'altres administracions públiques o les seues entitats dependents a favor de l'Agència, per a la seua aprovació.
• La formalització de contractes de l'Agència de quantia inferior a 750.000 euros, conforme a la legislació vigent en matèria de contractes del sector públic, i l'elaboració de propostes de contractació de contractes de quantia superior, per a la seua elevació al Consell Rector.
• La contestació de les queixes pel funcionament dels serveis de l'organisme.
• La resolució dels procediments administratius corresponents al seu àmbit de competència i la formulació de les propostes a l'òrgan competent quan la resolució haja d'adoptar-se en una altra instància.
• Qualsevol altra funció no expressament atribuïda a altres òrgans de l'agència i les que li siguen delegades pel president o la presidenta o el Consell Rector.